自分は拡張モードで全部にチェック入れて使っています。10枚ほどの新しく保存したファイルに対してバッチ操作(一度に複数のJPEGファイルを処理)した所、合計で約10万byte(100KB)軽減出来ました。枚数が多いほど効果が高いソフトです。ただ、バッチ操作にはちょっと時間がかかってしまいますが。
よくネットから画像を落としていてファイル数が多い人は導入してみてはどうでしょう?
JPEGファイルを扱うときは必ずJPEG Cleanerを使っています。私の場合、独自情報を埋め込んでいるJPEGファイルにはたま〜にしか出会いません。独自情報のないファイルには何の効果もありませんが、別にこれといったデメリットもなく、JPEG Cleanerがレジストリに何か書き込むこともしないので、愛用させてもらっています。